银河共和国的克隆军队与分裂联盟的机器人军队交战正炙，尤达大师派极地学徒亚苏卡•谭诺作为阿纳金的学徒加入克里斯多菲斯星战斗。杜库伯爵设计绑架了塔图因星贾霸的幼子，绝地长老院为了获得银河星系外围的通路权，战斗结束后派阿纳金，亚苏卡和机器人R2带领克隆军队前去拯救人质，而欧比-旺•肯诺比则去塔图因星贾霸处商讨联盟事宜。阿纳金一行在泰斯星一处寺院遭遇分裂联盟的机器人军队及西斯武士阿萨基•文翠斯，尽管救回贾霸幼子，却没料到更大的阴谋正等待着他们。
本片是唯一一部电脑动画“星战”电影，也是“星战”系列中唯一一部由华纳公司发行的电影。